本計畫以世界各國大學為主要對象，首先進行目標學校之篩選，再利用書目計量學之方法，透過檢索ESI (Essential Science Index)、WOS (Web of Science)與JCR (Journal Citation Reports)資料庫，獲取並計算目標學校之各領域指標數據。
在挑選世界大學各領域的目標名單上，由於論文發表量與論文被引次數可反映一機構之整體學術研究能量成果，因此目標學校以ESI論文數(papers) 及被引次數(citations) 排序表現較為優秀之前四百大學校，作為各領域之目標篩選，剔除研究機構後僅留下大學及授予碩士以上學位之教育單位，同時參考相關評鑑單位之領域世界大學名單，如上海交大、THE-QS等，挑選出表現較為優異之學校。
經篩選作業後，農學領域總共選取527所學校、臨床醫學領域總共選取519所學校、工學領域總共選取475所學校、生命科學領域總共選取512所學校、理學領域總共選取489所學校，及社會科學領域總共選取513所學校，各自進行領域評比作業。
利用WOS針對目標學校進行近二年級當年論文檢索時，對於各校進行嚴謹的權威控制(authority control)，盡量完善處理在WOS資料庫中各校所有可能的檢索款目及縮寫名稱，並考慮併校、分校之情形，同時納入該校之相關研究單位、合作機構與附屬醫院，以避免遺漏各校所發表的論文篇數及排除非該校所發表之論文篇數。
若ESI未進行主校區與其他校區的分別，如伊利諾大學(University of Illinois)，本計畫則將該校按文章所屬地址分成香檳校區(University of Illinois at Urbana-Champaign)與芝加哥校區(University of Illinois at Chicago)等校區，並於WOS上檢索、下載、計算各校區十一年論文數及被引次數。高被引文章亦根據文章所屬地址辨別校區。
領域排名指標說明
本計畫與學校排名科研論文質量評比採用同一套指標，共分「學術生產力」、「學術影響力」、「學術卓越性」三大構面。三大構面共含八個指標，分別為「領域近十一年論文數」、「領域當年論文數」、「領域近十一年論文被引次數」、「領域近二年論文被引次數」、「領域近十一年論文平均被引次數」、「領域近二年h指數」、「領域內高被引文章數」及「領域內高影響期刊論文數」，評鑑各學校六大領域之學術品質及數量上於近期與長期累積的科研論文成果，並考量學校規模及優質研究進行綜合評比，各領域排名指標之內容比重如表二。
表二：領域排名評比構面、指標及權重表
| 構面 |
2010年領域排名指標 |
權重 |
| 學術生產力 |
領域近十一年論文數(1999-2009) |
10 |
20 |
| 領域當年論文數(2009) |
10 |
| 學術影響力 |
領域近十一年論文被引次數(1999-2009) |
10 |
30 |
| 領域近二年論文被引次數(2008-2009) |
10 |
| 領域近十一年論文平均被引次數(1999-2009) |
10 |
| 學術卓越性 |
領域近二年h指數(2008-2009) |
20 |
50 |
| 領域內高被引文章數(1999-2009) |
15 |
| 領域內高影響期刊論文數(2009) |
15 |
(1) 學術生產力：領域近十一年論文數、當年論文數
論文發表數是書目計量最基礎的指標，由於論文是經由同儕審查後發表於專業期刊，因此是合理衡量一國或一機構於某領域學術研究競爭力的指標，同時間接反映機構及各領域的科技活動進展之程度。本計畫作為學術論文研究能量的評鑑部分，鎖定科技研究論文，觀察其於數量上之表現。「領域近十一年論文數」為其一指標，即ESI資料庫所統計各校1999至2009年十一年間發表於SCI與SSCI之六大領域文獻數量；「領域當年論文數」則於2010年1月1日至1月31日從WOS資料庫中檢索該校2009當年SCI與SSCI六大領域論文發表數，以作為另一指標。
(2) 學術影響力：領域近十一年論文被引次數、領域近二年論文被引次數、領域近十一年論文平均被引次數
論文被引次數是一篇論文在特定期間內被引用的次數，此指標大略反映一篇論文在一領域內的科學影響力。被高度引用的論文不僅反映出一篇論文的品質與重要性，亦是論文在國際上能見度的直接表現。「領域近二年論文被引次數」和影響係數一樣，考量近二年間的論文被引次數，代表的是短期影響力；「領域近十一年論文被引次數」則代表長期影響力。而領域平均被引次數則能評估該學校每篇論文在該領域之被利用程度或影響程度，並能將學校教職研究人數差距的因素調整降低，為同時考量領域論文品質與學校規模的指標。
本計畫作為學術論文研究品質的評鑑部分，「領域近十一年論文被引次數」採用ESI資料庫統計之各校1999至2009年十一年間SCI及SSCI六大領域論文被引用的次數量；「領域近二年論文被引次數」則採用WOS資料庫上該校前兩年(2008至2009年)發表之SCI與SSCI六大領域論文至檢索日期為止所有被引用次數總和。「領域近十一年論文平均被引次數」則利用「領域近十一年論文被引次數」除以「領域近十一年論文數」指標得之。
(3) 學術卓越性：領域近二年h指數、領域內高被文章數、領域內高影響期刊論文數
本計畫作為優質研究成果之評鑑部分，嘗試利用領域近二年h指數、領域內高被引文章及領域內具影響力期刊之角度評估各校各領域優質研究比例，藉以推究該校各領域科研論文卓越研究之表現。「領域近二年h指數」指標中，本計畫嘗試將2005年由Hirsch所提出的h-index公式延伸至各校各領域論文之層級，其定義為「一所學校擁有h篇被引次數達h次或以上次數的各領域論文，且該校於該領域內之其他論文被引次數皆小於或等於h次時，該校即得到其領域h指數」。由於h指數兼具評量領域論文數量與質量特性，因此本計畫統計學校各領域二年間(2008-2009年)所有SCI及SSCI論文的h指數以瞭解各校的論文質量表現。
「領域內高被引文章數」指標首先根據1999至2009年ESI資料庫所提供之「Highly Cited Papers」數據，其定義為近十一年內SCI與SSCI收錄文章於各年各領域內被引次數排行前1%之文章數。「領域內高影響期刊論文數」指標則採用JCR資料庫所統計各領域內影響係數排名前5%的期刊，利用此期刊名單分析各校各領域於2009年當年論文中，發表於該領域前5%期刊之論文數量。影響係數 (impact factor) 指該期刊前二年發表的文獻在當年的平均被引用次數，期刊的影響係數越高，反映期刊學術水準越高，而於該期刊發表之論文研究成果於該領域影響越大。由於各領域涵蓋的期刊數差異很大，若僅取影響係數排名前1%的期刊，期刊數較少之小學門的表現可能會過度強化，因此取各領域內影響係數排名前5%之期刊為高影響期刊。
計算排序方式
本計畫統計之主要依據為各領域WOS書目記錄中地址欄位有出現該校權控詞之論文，扣除重複之文章得出之論文總數，進行各校各指標表現分析。各校各領域被引次數為加總各校各領域論文於WOS資料庫收錄後至檢索日之間所累計之被引用次數後得之。
本計畫針對科研論文質量領域排名所有目標學校，根據上述各項指標加權綜合評比。首先，計算各校各領域之各項指標分數，再依各指標由數字大小排序，分別給予百分比級分，即每項指標排序第一位者給予100分之得分，其他則依對應第一位之百分比給予相對分數。各校各領域獲得八項指標的分數後，再依前述權重比例加權計算，藉以獲得各校各領域最終分數。依此最終分數所進行之排序，同名次之學校則按字母順序排列，此結果即為最終呈現之世界各大學科研論文領域之質量表現及排名。由於學校間總分非常接近，尤其是排名較後的學校，因此排名僅能代表該校在該領域之大概位置，不應以絕對名次論斷其領域論文質量表現。
領域劃分
本計畫將領域劃分為六個，分別為農學(AGE)、臨床醫學(MED)、工學(ENG)、生命科學(LIFE)、理學(SCI)，及社會科學(SOC)，表三顯示領域之主要次領域內容。詳細完整之次領域學門說明請參見附錄。
表三：領域分類表
| 領域 |
學門 |
農學
(Agriculture & Environment Sciences, AGE) |
農業科學(Agricultural Sciences) |
| 生態/環境學(Environment/Ecology) |
| 植物與動物科學(Plant & Animal Science) |
| 臨床醫學 (Clinical Medicine, MED) |
臨床醫學(Clinical Medicine) |
| 精神病學(Psychiatry) |
| 工學 (Engineering, Computing & Technology, ENG) |
電腦科學(Computer Science) |
| 工程(Engineering) |
| 材料科學(Materials Science) |
| 生命科學 (Life Sciences, LIFE) |
生物與生化(Biology & Biochemistry) |
| 免疫學(Immunology) |
| 微生物學(Microbiology) |
| 分子生物學與遺傳學(Molecular Biology & Genetics) |
| 神經科學與行為(Neuroscience & Behavior) |
| 藥理學與毒物學(Pharmacology & Toxicology) |
| 理學 (Natural Sciences, SCI) |
化學(Chemistry) |
| 地球科學(Geosciences) |
| 數學(Mathematics) |
| 物理(Physics) |
| 太空科學(Space Science) |
| 心理學(Psychology) |
| 社會科學 (Social Sciences, SOC) |
經濟與商業(Economics & Business) |
| 一般社會科學(Social Sciences, General) |
附錄：學門分類表
農學(Agriculture & Environment Sciences, AGE)
| 學門 |
學科 |
| 農業科學 (Agricultural Sciences) |
農業經濟與政策(Agricultural Economics & Policy) |
| 農業工程(Agricultural Engineering) |
| 農業，乳品與動物科學(Agriculture, Dairy & Animal Science) |
| 農業，跨學科(Agriculture, Multidisciplinary) |
| 農業，土壤科學(Agriculture, Soil Science) |
| 農藝(Agronomy) |
| 食物科學和技術(Food Science & Technology) |
| 園藝(Horticulture) |
| 營養及飲食(Nutrition & Dietetics) |
| 生態/環境學(Environment/Ecology) |
生物多樣性環境保護(Biodiversity Conservation) |
| 生態學(Ecology) |
| 環境科學(Environmental Sciences) |
| 水資源(Water Resources) |
| 植物與動物科學 (Plant & Animal Science) |
昆蟲學(Entomology) |
| 漁業(Fisheries) |
| 林業(Forestry) |
| 河海生物(Marine & Freshwater Biology) |
| 真菌學(Mycology) |
| 鳥類學(Ornithology) |
| 植物科學(Plant Sciences) |
| 獸醫學(Veterinary Sciences) |
| 動物學(Zoology) |
臨床醫學(Clinical Medicine, MED)
| 學門 |
學科 |
| 臨床醫學 (Clinical Medicine) |
過敏症(Allergy) |
| 男性學(Andrology) |
| 麻醉學(Anesthesiology) |
| 心臟及心血管系統(Cardiac & Cardiovascular Systems) |
| 臨床神經學(Clinical Neurology) |
| 重症醫學(Critical Care Medicine) |
| 牙科及口腔外科(Dentistry, Oral Surgery & Medicine) |
| 皮膚醫學(Dermatology) |
| 急診醫學(Emergency Medicine) |
| 內分泌學及新陳代謝(Endocrinology & Metabolism) |
| 腸胃病學及肝臟(Gastroenterology & Hepatology) |
| 老人醫學及老年病學(Geriatrics & Gerontology) |
| 公共衛生科學及服務(Health Care Sciences & Services) |
| 血液學(Hematology) |
| 成像科學及攝影技術(Imaging Science & Photographic Technology) |
| 整合醫療及補充性醫療(Integrative & Complementary Medicine) |
| 醫學倫理(Medical Ethics) |
| 醫學實驗及技術(Medical Laboratory Technology) |
| 醫學資訊學(Medical Informatics) |
| 醫學，一般內科(Medicine, General & Internal) |
| 醫學，法律(Medicine, Legal) |
| 醫學，研究和實驗(Medicine, Research & Experimental) |
| 護理學(Nursing) |
| 婦產科(Obstetrics & Gynecology) |
| 腫瘤學(Oncology) |
| 眼科(Ophthalmology) |
| 整型外科(Orthopedics) |
| 耳鼻喉科(Otorhinolaryngology) |
| 小兒科(Pediatrics) |
| 週邊血管疾病(Peripheral Vascular Disease) |
| 放射學，核子醫學，醫學成像(Radiology, Nuclear Medicine & Medical Imaging) |
| 復健(Rehabilitation) |
| 呼吸系統(Respiratory System) |
| 風濕病學(Rheumatology) |
| 外科(Surgery) |
| 移植(Transplantation) |
| 熱帶醫學(Tropical Medicine) |
| 泌尿學與腎臟學(Urology & Nephrology) |
| 精神病學(Psychiatry) |
精神病學(Psychiatry) |
工學(Engineering, Computing & Technology, ENG)
| 學門 |
學科 |
| 電腦科學 (Computer Science) |
電腦科學，人工智慧(Computer Science, Artificial Intelligence) |
| 電腦科學，電腦控制學(Computer Science, Cybernetics) |
| 電腦科學，硬體及內部結構(Computer Science, Hardware & Architecture) |
| 電腦科學，資訊系統(Computer Science, Information Systems) |
| 電腦科學，跨學科應用(Computer Science, Interdisciplinary Applications) |
| 電腦科學，軟體工程(Computer Science, Software Engineering) |
| 電腦科學，理論及方法(Computer Science, Theory & Methods) |
| 工程 (Engineering) |
自動化及控制系統(Automation & Control Systems) |
| 營建及建築技術(Construction & Building Technology) |
| 能源及燃料(Energy & Fuels) |
| 工程，航太工程(Engineering, Aerospace) |
| 工程，生醫工程(Engineering, Biomedical) |
| 工程，化學工程(Engineering, Chemical) |
| 工程，土木工程(Engineering, Civil) |
| 工程，電子及電機工程(Engineering, Electrical & Electronic) |
| 工程，環境工程(Engineering, Environmental) |
| 工程，大地工程(Engineering, Geological) |
| 工程，工業工程(Engineering, Industrial) |
| 工程，製造工程(Engineering, Manufacturing) |
| 工程，船舶工程(Engineering, Marine) |
| 工程，機械工程(Engineering, Mechanical) |
| 工程，海洋工程(Engineering, Ocean) |
| 工程，石油工程(Engineering, Petroleum) |
| 儀器及設備(Instruments & Instrumentation) |
| 力學(Mechanics) |
| 採礦及礦物加工(Mining & Mineral Processing) |
| 機器人學(Robotics) |
| 電信(Telecommunications) |
| 熱力學(Thermodynamics) |
| 運輸(Transportation) |
| 運輸科學及技術(Transportation Science & Technology) |
| 材料科學 (Materials Science) |
材料科學，生醫材料(Materials Science, Biomaterials) |
| 材料科學，陶(Materials Science, Ceramics) |
| 材料科學，特性及測試(Materials Science, Characterization & Testing) |
| 材料科學，塗層和薄膜(Materials Science, Coatings & Films) |
| 材料科學，複合材料(Materials Science, Composites) |
| 材料科學，跨學科(Materials Science, Multidisciplinary) |
| 材料科學，紙及木材(Materials Science, Paper & Wood) |
| 材料科學，紡織(Materials Science, Textiles) |
| 冶金及冶金工程(Metallurgy & Metallurgical Engineering) |
生命科學(Life Sciences, LIFE)
| 學門 |
學科 |
| 生物與生化 (Biology & Biochemistry) |
解剖學及形態學(Anatomy & Morphology) |
| 生化研究方法(Biochemical Research Methods) |
| 生物學(Biology) |
| 生物物理學(Biophysics) |
| 演化生物學(Evolutionary Biology) |
| 數學與計算生物學(Mathematical & Computational Biology) |
| 生理學(Physiology) |
| 寄生生物學(Parasitology) |
| 病理學(Pathology) |
| 生殖生物學(Reproductive Biology) |
| 免疫學 (Immunology) |
免疫學(Immunology) |
| 傳染病(Infectious Diseases) |
| 病毒學(Virology) |
| 微生物學 (Microbiology) |
生物技術及應用微生物學(Biotechnology & Applied Microbiology) |
| 微生物學(Microbiology) |
| 顯微鏡學(Microscopy) |
| 分子生物學與遺傳學(Molecular Biology & Genetics) |
生物化學及分子生物學(Biochemistry & Molecular Biology) |
| 細胞生物學(Cell Biology) |
| 發育生物學(Developmental Biology) |
| 基因與遺傳學(Genetics & Heredity) |
| 神經科學與行為(Neuroscience & Behavior) |
行為科學(Behavioral Sciences) |
| 神經成象(Neuroimaging) |
| 神經科學(Neurosciences) |
| 藥理學與毒物學(Pharmacology & Toxicology) |
藥理學與配藥學(Pharmacology & Pharmacy) |
| 藥物濫用(Substance Abuse) |
| 毒物學(Toxicology) |
理學(Natural Sciences, SCI)
| 學門 |
學科 |
| 化學 (Chemistry) |
化學，分析(Chemistry, Analytical) |
| 化學，應用(Chemistry, Applied) |
| 化學，無機化學及核化學(Chemistry, Inorganic & Nuclear) |
| 化學，藥用化學(Chemistry, Medicinal) |
| 化學，跨學科(Chemistry, Multidisciplinary) |
| 化學，有機(Chemistry, Organic) |
| 化學，物理(Chemistry, Physical) |
| 結晶學(Crystallography) |
| 電化學(Electrochemistry) |
| 光譜學(Spectroscopy) |
| 聚合物學(Polymer Science) |
| 地球科學 (Geosciences) |
地球化學及地球物理學(Geochemistry & Geophysics) |
| 地理學(Geography) |
| 自然地理學(Geography, Physical) |
| 地質學(Geology) |
| 地球科學，跨學科(Geosciences, Multidisciplinary) |
| 湖沼學(Limnology) |
| 氣象及大氣科學(Meteorology & Atmospheric Sciences) |
| 礦物學(Mineralogy) |
| 海洋學(Oceanography) |
| 古生物學(Paleontology) |
| 遙感(Remote Sensing) |
| 土壤科學(Soil Science) |
| 數學 (Mathematics) |
數學(Mathematics) |
| 數學，應用數學(Mathematics, Applied) |
| 數學，跨學科應用(Mathematics, Interdisciplinary Applications) |
| 統計及機率(Statistics & Probability) |
| 物理 (Physics) |
聲學(Acoustics) |
| 奈米科學及奈米技術(Nanoscience & Nanotechnology) |
| 核子科學及技術(Nuclear Science & Technology) |
| 光學(Optics) |
| 物理，應用物理(Physics, Applied) |
| 物理，原子物理，分子物理，化學物理(Physics, Atomic, Molecular & Chemical) |
| 物理，凝態物理(Physics, Condensed Matter) |
| 物理，液體，等離子體(Physics, Fluids & Plasmas) |
| 物理，數學(Physics, Mathematical) |
| 物理，跨學科(Physics, Multidisciplinary) |
| 物理，核物理(Physics, Nuclear) |
| 物理，粒子，場(Physics, Particles & Fields) |
| 太空科學(Space Science) |
天文學及天體物理學(Astronomy & Astrophysics) |
| 心理學 (Psychology) |
心理學(Psychology) |
| 心理學，應用(Psychology, Applied) |
| 心理學，生物(Psychology, Biological) |
| 心理學，臨床(Psychology, Clinical) |
| 心理學，發展(Psychology, Developmental) |
| 心理學，教育(Psychology, Educational) |
| 心理學，實驗(Psychology, Experimental) |
| 心理學，數學(Psychology, Mathematical) |
| 心理學，跨學科(Psychology, Multidisciplinary) |
| 心理學，心理分析(Psychology, Psychoanalysis) |
| 心理學，社會(Psychology, Social) |
社會科學(Social Sciences, SOC)
| 學門 |
學科 |
| 經濟與商業 (Economics & Business) |
商業(Business) |
| 商業，金融(Business, Finance) |
| 經濟學(Economics) |
| 勞資關係及工會(Industrial Relations & Labor) |
| 管理(Management) |
| 作業研究及管理科學(Operations Research & Management Science) |
| 一般社會科學 (Social Sciences, General) |
區域研究(Area Studies) |
| 傳播學(Communication) |
| 犯罪學及刑罰學(Criminology & Penology) |
| 人口統計學(Demography) |
| 教育及教育研究(Education & Educational Research) |
| 教育，科學訓練(Education, Scientific Disciplines) |
| 教育，特殊教育(Education, Special) |
| 環境研究(Environmental Studies) |
| 人類工程學(Ergonomics) |
| 倫理學(Ethics) |
| 種族研究(Ethnic Studies) |
| 家庭研究(Family Studies) |
| 電影，廣播，電視(Film, Radio, Television) |
| 衛生政策及服務(Health Policy & Services) |
| 資訊學及圖書館學(Information Science & Library Science) |
| 國際關係(International Relations) |
| 法律(Law) |
| 計劃與發展(Planning and Development) |
| 政治學(Political Science) |
| 公共行政(Public Administration) |
| 公共，環境及職業健康(Public, Environmental & Occupational Health) |
| 社會問題(Social Issues) |
| 社會科學，生物醫學(Social Sciences, Biomedical) |
| 社會科學，跨學科(Social Sciences, Interdisciplinary) |
| 社會科學，數學方法(Social Sciences, Mathematical Methods) |
| 社會工作(Social Work) |
| 社會學(Sociology) |
| 運動科學(Sport Sciences) |
| 都市研究(Urban Studies) |
| 婦女研究(Women's Studies) |
| 亞洲研究(Asian Studies) |
| 民俗學(Folklore) |
| 觀光、運動休閒(Hospitality, Leisure, Sport & Tourism) |
參考文獻
Hirsch, J. E. (2005). An index to quantify an individual's scientific research output. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,
102(46), 16569–16572.